De film vertelt het verhaal van Harvey Milk (Sean Penn). Harvey Milk was het eerste homoseksuele gemeenteraadslid van San Francicso en was één van de allereerste activisten voor gelijke rechten. Milk leert in deze periode onder andere de activisten Cleve Jones (Emile Hirsch) en Scott Smith (James Franco) kennen waarmee hij verschillende mooie, maar ook dramatische momenten beleeft.